Kolonizace žaludku H. pylori vyvolává u mnohých pacientů akutní gastritidu nebo chronickou neatrofickou gastritidu od prvního okamžiku infekce v místě kolonizace.
Proto můžeme mít akutní gastritidu a také těžkou neutrofilní gastritidu s přechodnou hypochlorhydrií.
Asi u 80 % infikovaných nevyvolává infekce žádné příznaky. Histologicky je pozorována zánětlivá infiltrace stěny žaludku, ve které se nachází bakterie H. pylori. H. pylori poškozuje epiteliální buňky a vrstvu hlenu uvolňováním ureázy a dalších enzymů, které způsobují lokální zánětlivou reakci. Zánětlivá infiltrace je omezená v oblasti pyloru, zatímco zánětlivé léze v těle žaludku jsou omezené nebo nejsou pozorovány. To je způsobeno produkcí amoniaku (který je cytotoxický, aby působil proti a reguloval pH ve svůj prospěch) spolu s proteázami, některými fosfolipázami, vakuolizujícím cytotoxinem A (VacA) a genem CagA (potenciálně karcinogenní). Kromě toho Hcp proteiny bohaté na cystein (zejména HcpA) zase způsobují zánět spouštěním imunitních reakcí hostitele. Bakterie také zvyšuje hladiny cyklooxygenázy-2 (COX-2) při chronické gastritidě, což je pravděpodobně základem pro extragastrická onemocnění.
H. pylori je hlavním původcem peptického vředu, ale ne u všech pacientů se tento stav rozvine. Žaludeční kyselina a H. pylori společně dráždí sliznici žaludku nebo dvanáctníku a způsobují peptický vřed. Při kolonizaci jiných míst v žaludku může zánětlivá reakce způsobit žaludeční atrofii a v konečném důsledku i vředy, čímž se zvyšuje riziko rakoviny. Více jak 50 % adenokarcinomů je spojené s H. pylori. V roce 1994 WHO klasifikovala H. pylori jako kancerogen typu I. V roce 2001 první observační studie potvrdila, že eradikace H. pylori zabraňuje rakovině žaludku. H. pylori je také spojena s lymfomem odvozeným z lymfoidní tkáně asociované se sliznicí (MALT).